データ形式

Darwin Core について

Darwin Coreは、標本、観察データの標準交換形式であり、インターネットを通じてデータ共用するために使用され、GBIFプロジェクトでも採用されています。以下のようにいくつかのバージョンがあり、詳細は XML Schema で定義されています。


Darwin Core最新版の項目

ダーウィンコア項目名説明データ例
occurrenceID標本・観察データレコードに割り振られるユニークIDurn:lsid:nhm.ku.edu:Herps:32
urn:catalog:FMNH:Mammal:145732
typeリソースの性質StillImage
MovingImage
Sound
modifiedデータの最終更新日1963-03-08T14:07-0600
2009-02-20T08:40Z
1906-06
1971
2007-03-01T13:00:00Z/2008-05-11T15:30:00Z
languageリソースの言語en
ja
rightsリソースのライセンスhttp://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/
rightsHolderリソースのライセンスを保有している個人または機関The Regents of the University of California.
accessRightsデータアクセスに関するライセンス情報not-for-profit use only
bibliographicCitationリソースに関する文献情報Ctenomys sociabilis (MVZ 165861) for a specimen
references参照している関連リソースhttp://mvzarctos.berkeley.edu/guid/MVZ:Mamm:165861
institutionID内部で使用している研究機関ID
collectionIDコレクションを識別するID。標本データの場合 Biodiversity Collections Index のIDurn:lsid:biocol.org:col:34818
datasetIDデータセットに付与されるIDurn:lsid:biocol.org:col:34818
institutionCode研究機関コードNIG
RBRC
collectionCodeコレクションやデータセットを識別するコードMammals
Hildebrandt
eBird
datasetNameデータセット名Grinnell Resurvey Mammals
Lacey Ctenomys Recaptures
ownerInstitutionCodeデータ所有者名または略称NPS
APN
InBio
basisOfRecordデータレコードの種類PreservedSpecimen
FossilSpecimen
LivingSpecimen
HumanObservation
MachineObservation
informationWithheld追加情報location information not given for endangered species
collector identities withheld
ask about tissue samples
dataGeneralizations測定情報に関する追加情報Coordinates generalized from original GPS coordinates to the nearest half degree grid cell
dynamicPropertiesレコードの追加測定情報、事実、特長。キー・バリューペアで記載。{"heightInMeters":1.5}
{"tragusLengthInMeters":0.014, "weightInGrams":120}
{"natureOfID":"expert identification", "identificationEvidence":"cytochrome B sequence"}
{"relativeHumidity":28, "airTemperatureInCelsius":22, "sampleSizeInKilograms":10}
{"aspectHeading":277, "slopeInDegrees":6}
{"iucnStatus":"vulnerable", "taxonDistribution":"Neuquén, Argentina"}
sourceオリジナルサイトのレコードを示すURLhttp://ww2.bgbm.org/herbarium/view_large.cfm?SpecimenPK=100611&idThumb=310161&SpecimenSequenz=1&loan=0
catalogNumberコレクション内のユニークID2008.1334
145732a
145732
occurrenceRemarks標本・観察データに関する補足説明found dead on road
recordNumber標本・観察データが記録された時のIDOPP 7101
recordedBy標本・観察データの担当者(のリスト)、グループ、機関Oliver P. Pearson; Anita K. Pearson
individualID標本・観察データに責任を持つ個人またはグループ名U.amer. 44
Smedley
Orca J 23
individualCount標本収集、観測時点の個体数1
25
sex標本・観察データの個体の性female
hermaphrodite
8 males, 4 females
Controlled vocaburaryの使用を推奨。
lifeStage標本・観察データの個体のライフステージegg
eft
juvenile
adult
2 adults 4 juveniles
Controlled vocaburaryの使用を推奨。
reproductiveCondition標本・観察データの最生成情報non-reproductive
pregnant
in bloom
fruit-bearing
behavior標本・観察データが記録された時の個体の振る舞いroosting
foraging
running
establishmentMeans標本もしくは観測データの個体の生成プロセスcultivated
invasive
escaped from captivity
wild
native
occurrenceStatus標本・観察データの観測地における、同一分類種の観測記録の有無present
absent
preparations標本の準備または保存方法(のリスト)skin; skull; skeleton
whole animal (ETOH); tissue (EDTA)
fossil
cast
photograph
DNA extract
disposition現在の標本の状況in collection
missing
voucher elsewhere
duplicates elsewhere
otherCatalogNumbersある標本・観察データに以前割り振られたカタログ番号(のリスト)FMNH:Mammal:1234
NPS YELLO6778; MBG 33424
previousIdentificationspreviouscatalognumberpreviouscatalognumber
associatedMedia標本・観察データに関連する画像ファイルなどのURI(のリスト)http://arctos.database.museum/SpecimenImages/UAMObs/Mamm/2/P7291179.JPG
associatedReferences標本・観察データに関連する文献情報のIDやURLhttp://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/322/5899/261
Christopher J. Conroy, Jennifer L. Neuwald. 2008. Phylogeographic study of the California vole, Microtus californicus Journal of Mammalogy, 89(3):755-767.
associatedOccurrencesある標本・観察データに関連のある標本・観察データのIDsibling of FMNH:Mammal:1234; sibling of FMNH:Mammal:1235
associatedSequences標本・観察データに関連づけられた遺伝的配列情報の論文やID(のリスト)GenBank: U34853.1
associatedTaxa標本・観察データに関連する分類、系統情報host: Quercus alba
occurrenceDetails非推奨項目
eventID標本・観察データのイベント情報ID
samplingProtocol収集方法UV light trap
mist net
bottom trawl
ad hoc observation | point count
Penguins from space: faecal stains reveal the location of emperor penguin colonies, http://dx.doi.org/10.1111/j.1466-8238.2009.00467.x
Takats et al. 2001. Guidelines for Nocturnal Owl Monitoring in North America. Beaverhill Bird Observatory and Bird Studies Canada, Edmonton, Alberta. 32 pp., http://www.bsc-eoc.org/download/Owl.pdf
samplingEffortイベント中の作業メモ40 trap-nights
10 observer-hours; 10 km by foot; 30 km by car
eventDateイベント発生の日時もしくは間隔1963-03-08T14:07-0600
2009-02-20T08:40Z
1809-02-12
1906-06
1971
2007-03-01T13:00:00Z/2008-05-11T15:30:00Z
2007-11-13/15
ISO 8601:2004(E)の使用を推奨。
eventTimeイベント発生期間。14:07-0600 is 2:07pm in the time zone six hours earlier than UTC
08:40:21Z is 8:40:21am UTC
13:00:00Z/15:30:00Z is the interval between 1pm UTC and 3:30pm UTC.
startDayOfYearイベント開始日。1は1月1日、365は12月31日を示す。1
365
endDayOfYearイベント終了日。1は1月1日、365は12月31日を示す。1
365
yearイベント発生年2008
monthイベント発生月1
10
dayイベント発生日9
28
verbatimEventDateイベント発生日時(フリーテキスト)spring 1910
Marzo 2002
1999-03-XX
17IV1934
habitat生息地oak savanna
pre-cordilleran steppe
fieldNumberフィールドにおけるイベントに割り振られるIDRV Sol 87-03-08
fieldNotes論文のURIやイベントに関するメモnotes available in Grinnell-Miller Library
eventRemarksイベントに関する補足説明
locationID採集地ID
higherGeographyID採集地IDTGN: 1002002 for Prov. Tierra del Fuego, Argentina
higherGeographyLocality要素の情報よりもおおまかな標本の採集地名。South America | Argentina | Patagonia | Parque Nacional Nahuel Huapi | Neuquén | Los Lagos (with accompanying values South America in Continent, Argentina in Country, Neuquén in StateProvince, and Los Lagos in County.
continent標本採取地・観測地の大陸Antarctica
ISO3166 Continent Codeの使用推奨。
waterBody標本採取地・観測地の大洋Indian Ocean
Baltic Sea
Getty Thesaurus of Geographic Namesの使用推奨。
islandGroup標本採取地・観測地の島群Alexander Archipelago
Getty Thesaurus of Geographic Namesの使用推奨。
island標本採取地・観測地の島Isla Victoria
Getty Thesaurus of Geographic Namesの使用推奨。
country標本採取地・観測地の国Denmark
Colombia
España
Getty Thesaurus of Geographic Namesの使用推奨。
countryCode国コードAR for Argentina
SV for El Salvador
ISO 3166-1-alpha-2 country codesの使用推奨。
stateProvince標本採取地・観測地の州、県Montana
Minas Gerais
Córdoba
county標本採取地・観測地の群、区Missoula
Los Lagos
Mataró
municipality市名など群よりさらに小さい管理地域名Holzminden
locality標本採取地・観測地の説明Bariloche, 25 km NNE via Ruta Nacional 40 (=Ruta 237)
verbatimLocality標本採集地・観測地(フリーテキスト)25 km NNE Bariloche por R. Nac. 237
verbatimElevation標本採集地・観測地の最高海抜距離(フリーテキスト)100-200 m
minimumElevationInMeters標本採集地・観測地の最低海抜距離(メートル単位)100
maximumElevationInMeters標本採集地・観測地の最高海抜距離(メートル単位)200
verbatimDepth標本採集地・観測地の水深(フリーテキスト)100-200 m
minimumDepthInMeters標本採集地・観測地の水面からの最浅の距離(メートル単位)100
maximumDepthInMeters標本採集地・観測地の水面からの最深の距離(メートル単位)200
minimumDistanceAboveSurfaceInMeters参照している海抜表面からのより小さい距離(メートル)1.5 meter sediment core from the bottom of a lake (at depth 20m) at 300m elevation;
VerbatimElevation: 300m
MinimumElevationInMeters: 300
MaximumElevationInMeters: 300
VerbatimDepth: 20m
MinimumDepthInMeters: 20
MaximumDepthInMeters: 20
minimumDistanceAboveSurfaceInMeters: 0
maximumDistanceAboveSurfaceInMeters: -1.5
maximumDistanceAboveSurfaceInMeters参照している海抜表面からのより大きい距離(メートル)1.5 meter sediment core from the bottom of a lake (at depth 20m) at 300m elevation;
VerbatimElevation: 300m
MinimumElevationInMeters: 300
MaximumElevationInMeters: 300
VerbatimDepth: 20m
MinimumDepthInMeters: 20
MaximumDepthInMeters: 20
minimumDistanceAboveSurfaceInMeters: 0
maximumDistanceAboveSurfaceInMeters: -1.5
locationAccordingTo文献などの採集地の情報源Getty Thesaurus of Geographic Names
GADM
locationRemarks採集地に関する補足説明under water since 2005
verbatimCoordinatesフリーテキストによるオリジナルの位置41 05 54S 121 05 34W
17T 630000 4833400
verbatimLatitudeフリーテキストによるオリジナルの緯度41 05 54.03S
verbatimLongitudeフリーテキストによるオリジナルの経度121d 10' 34" W
verbatimCoordinateSystemverbatimCoordinate, verbatimLatitude, verbatimLongitudeのデータの元になっている座標システム。Controlled vocabularyの使用を推奨。decimal degrees
degrees decimal minutes
degrees minutes seconds
UTM
verbatimSRS空間参照システム名EPSG:4326
WGS84
NAD27
Campo Inchauspe
European 1950
Clarke 1866
decimalLatitude標本収集地、観測地の緯度。-90~90の数値-41.0983423
decimalLongitude標本収集地、観測地の経度。-180~180の数値-121.1761111
geodeticDatum測地学データEPSG:4326
WGS84
NAD27
Campo Inchauspe
European 1950
Clarke 1866
coordinateUncertaintyInMeters標本採集地、観測地の範囲、緯度・経度を囲んだ半径(メートル)31
70
coordinatePrecisioncoordinateprecisioncoordinateprecision
pointRadiusSpatialFit緯度・経度の位置の正確さ0~1以下の数値。観測地と計測情報が完全に一致する場合1とする。
footprintWKTWKT (Well Known Text)形式の標本採集地、観測地情報POLYGON ((10 20, 11 20, 11 21, 10 21, 10 20)) 経度10度、緯度20度から経度11度、緯度21度の場所を示す。
footprintSRSfootprintWKTの空間参照システム名GEOGCS["GCS_WGS_1984", DATUM["D_WGS_1984", SPHEROID["WGS_1984", 6378137, 298.257223563]], PRIMEM["Greenwich", 0], UNIT["Degree", 0.0174532925199433]]
footprintSpatialFitfootprintWKTの正確さ0~1以下の数値。観測地と計測情報が完全に一致する場合1とする。footprintWKTと計測情報が完全に一致する場合1とする。
georeferencedBy標本採集地、観測地の地理参照システムを決めた人やグループ名Kristina Yamamoto (MVZ); Janet Fang (MVZ)
Brad Millen (ROM)
georeferencedDate標本採集地、観測地の地理参照システムの決定日1963-03-08T14:07-0600
georeferenceProtocol標本採集地、観測地を測定した方法Guide to Best Practices for Georeferencing (Chapman and Wieczorek, eds. 2006), Global Biodiversity Information Facility.
MaNIS/HerpNet/ORNIS Georeferencing Guidelines
BioGeomancer
georeferenceSources標本採集地、観測地を記載するのに使用した地図や地名辞書USGS 1:24000 Florence Montana Quad; Terrametrics 2008 on Google Earth
georeferenceVerificationStatus標本採集地、観測地の検証状況。Controlled vocabularyの使用を推奨。requires verification
verified by collector
verified by curator
georeferenceRemarks標本採集地、観測地やその測定方法に関する補足説明assumed distance by road (Hwy. 101)
geologicalContextID地層などの地質を示すID
earliestEonOrLowestEonothem古代生物採集地の最も古い年代または最も低い地層名Phanerozoic
Proterozoic
latestEonOrHighestEonothem古代生物採集地の最も新しい年代または最も高い地層名Phanerozoic
Proterozoic
earliestEraOrLowestErathem古代生物採集地の最も古い時代または最も低い地層名Cenozoic
Mesozoic
eraはeonよりも細かい時代を指定する。あるeonが複数のeraに分割される。
latestEraOrHighestErathem古代生物採集地の最も新しい時代または最も高い地層名Cenozoic
Mesozoic
earliestPeriodOrLowestSystem古代生物採集地の最も古い時代または最も低い地層名Neogene
Tertiary
Quaternary
periodはeraよりも細かい時代を指定する。あるeraが複数のperiodに分割される。
latestPeriodOrHighestSystem古代生物採集地の最も新しい時代または最も高い地層名Neogene
Tertiary
Quaternary
earliestEpochOrLowestSeries古代生物採集地の最も古い時代または最も低い地層名Holocene
Pleistocene
Ibexian Series
epochはperiodよりも細かい時代を指定する。あるperiodが複数のepochに分割される。
latestEpochOrHighestSeries古代生物採集地の最も新しい時代または最も高い地層名Holocene
Pleistocene
Ibexian Series
earliestAgeOrLowestStage古代生物採集地の最も古い年代または最も低い地層名Atlantic
Boreal
Skullrockian
latestAgeOrHighestStage古代生物採集地の最も新しい年代または最も高い地層名Atlantic
Boreal
Skullrockian
lowestBiostratigraphicZone古代生物採集地の最も低い地層名
highestBiostratigraphicZone古代生物採集地の最も高い地層名
lithostratigraphicTerms古代生物採集地の石層
group古代生物採集地の石層グループ名
formation古代生物採集地の石層形成Notch Peak Fromation
House Limestone
Fillmore Formation
member古代生物採集地の石層構成群Lava Dam Member
Hellnmaria Member
bed古代生物採集地の石層地
identificationID学名付与情報のID
identifiedBy分類情報を定義した人(のリスト)やグループ、組織James L. Patton
Theodore Pappenfuss; Robert Macey
dateIdentified分類を定義した日時1963-03-08T14:07-0600
2009-02-20T08:40Z
1809-02-12
1906-06
1971
2007-03-01T13:00:00Z/2008-05-11T15:30:00Z
2007-11-13/15
ISO 8601:2004(E)の使用を推奨。
identificationReferences学名付与情報の参照情報Aves del Noroeste Patagonico. Christie et al. 2004.
identificationRemarks学名付与情報の補足説明Distinguished between Anthus correndera and Anthus hellmayri based on the comparative lengths of the uñas.
identificationQualifier生物種同定の補足For the determination Quercus aff. agrifolia var. oxyadenia
identificationQualifier would be aff. agrifolia var. oxyadenia
identificationVerificationStatus生物分類の証明状況0
4
typeStatus命名タイプ(type status, typified name, publication)holotype of Ctenomys sociabilis. Pearson O. P., C116and M. I. Christie. 1985. Historia Natural, 5(37):388
taxonID生物分類ID8fa58e08-08de-4ac1-b69c-1235340b7001
32567
http://species.gbif.org/abies_alba_1753
urn:lsid:gbif.org:usages:32567
scientificNameID学名IDurn:lsid:ipni.org:names:37829-1:1.3
acceptedNameUsageID動物または植物で受け入れられている生物分類ID8fa58e08-08de-4ac1-b69c-1235340b7001
parentNameUsageID上位の生物分類のID
originalNameUsageID元々の学名命名ルールにおける学名IDhttp://species.gbif.org/abies_alba_1753
nameAccordingToID参照先における生物分類ID
namePublishedInID出版物における生物分類ID
taxonConceptID生物分類概念のID
scientificName著者や日付の情報付き学名Coleoptera (order)
Vespertilionidae (family)
Manis (genus)
Ctenomys sociabilis (genus + specificEpithet)
Ambystoma tigrinum diaboli (genus + specificEpithet + infraspecificEpithet)
Roptrocerus typographi (Györfi, 1952) (genus + specificEpithet + scientificNameAuthorship)
Quercus agrifolia var. oxyadenia (Torr.) J.T. Howell
acceptedNameUsage動物または植物で受け入れられている生物分類名Tamias minimus
parentNameUsage上位の生物分類名
originalNameUsage元々の学名命名ルールにおける学名
nameAccordingTo参照先における生物分類名
namePublishedIn出版物における生物分類名
namePublishedInYear学名が出版された年1915
2008
higherClassificationセミコロンでつないだ分類階層情報Animalia;Chordata;Vertebrata;Mammalia;Theria;Eutheria;Rodentia;Hystricognatha;Hystricognathi;Ctenomyidae;Ctenomyini;Ctenomys
kingdom標本・観察データの界の情報Animalia
Plantae
phylum標本・観察データの門の情報Chordata (phylum)
Bryophyta (division)
class標本・観察データの鋼の情報Chordata (phylum)
Bryophyta (division)
order標本・観察データの目の情報Carnivora
Monocleales
family標本・観察データの科の情報Felidae
Monocleaceae
genus標本・観察データの属の情報Puma
Monoclea
subgenus標本・観察データの亜属の情報
specificEpithet標本・観察データの種の情報concolor
gottschei
infraspecificEpithet標本・観察データの最も低い分類の学名concolor
oxyadenia
sayi
taxonRank標本・観察データの分類名の情報subspecies
varietas
forma
species
genus
verbatimTaxonRank標本・観察データの分類名(フリーテキスト)
scientificNameAuthorship標本・観察データの学名の著者や日付(Torr.) J.T. Howell
(Martinovský) Tzvelev
(Györfi, 1952)
vernacularName標本・観察データの一般名または、その国の言語による名前Andean Condor
Condor Andino
American Eagle
Gänsegeier
nomenclaturalCode標本・観察データの学名の命名コードICBN
ICZN
BC
ICNCP
BioCode
ICZN; ICBN
taxonomicStatus標本・観察データの学名の使用状況invalid
misapplied
homotypic synonym
accepted
nomenclaturalStatus学名命名法の状況nom. ambig.
nom. illeg.
nom. subnud.
taxonRemarks生物分類名に関する補足情報this name is a misspelling in common use